纳税人代理进口按规定免征进口增值税的货物，增值税专用发票问题

基金或者行政事业性收费可以扣除，但只能开具增值税普通发票。

具体开具发票，可以参考上海国税的指引，按6%的税率开具。

http://sjswfj.szgs.gov.cn/art/2016/6/6/art_521_43695.html

上海国税一般纳税人差额征税发票开具和申报指引

二、经纪代理服务

（一）注释

经纪代理服务，是指各类经纪、中介、代理服务。包括金融代理、知识产权代理、货物运输代理、代理报关、法律代理、房地产中介、职业中介、婚姻中介、代理记账、拍卖等。

货物运输代理服务，是指接受货物收货人、发货人、船舶所有人、船舶承租人或者船舶经营人的委托，以委托人的名义，为委托人办理货物运输、装卸、仓储和船舶进出港口、引航、靠泊等相关手续的业务活动。

代理报关服务，是指接受进出口货物的收、发货人委托，代为办理报关手续的业务活动。

（二）销售额

经纪代理服务，以取得的全部价款和价外费用，扣除向委托方收取并代为支付的政府性基金或者行政事业性收费后的余额为销售额。向委托方收取的政府性基金或者行政事业性收费，不得开具增值税专用发票。

（三）发票开具

方式一：通过增值税发票管理新系统中正常开票功能,以取得的全部价款和价外费用，扣除向委托方收取并代为支付的政府性基金或者行政事业性收费后的余额依6%的税率开具增值税专用发票；代为支付的费用依6%的税率开具增值税普通发票。

方式二：通过增值税发票管理新系统中正常开票功能,以取得的全部价款和价外费用，依6%的税率全额开具增值税普通发票。

（四）申报要求

在《增值税纳税申报表附列资料（一）》中，按增值税发票（含增值税专用发票、增值税普通发票，下同）开具金额、税额填入第5行第1和第2列、第3和第4列的“销售额”、“销项(应纳)税额”；将代为支付的费用填入第5行第12列“服务、不动产和无形资产扣除项目本期实际扣除金额”。

在《增值税纳税申报表附列资料（三）》中，按增值税发票价税合计填入第3行“6%税率的项目（不含金融商品转让）”第1列“本期服务、不动产和无形资产价税合计额（免税销售额）”；将代支付的费用填入第3行第3列“本期发生额”栏次。