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贵公司已认证的发票供应商不能作废，错误作废的，经区县局税务机关批准，可以继续用于抵扣，建议与主管税务机关沟通，看是否可以按此操作。
根据《国家税务总局关于增值税专用发票和其他抵扣凭证审核检查有关问题的通知》（国税发[2004]第119号）第一条、《国家税务总局关于增值税专用发票和其他抵扣凭证审核检查有关问题的补充通知》（国税发〔2005〕6号）第四条第一款的规定，比对异常的增值税抵扣凭证，分为三种类型处理：
a)审核检查结果为技术性错误原因，如录入错误、已申报但漏采集、漏传递、错报为失控或作废发票等，造成比对异常的，经过技术处理后允许其申报抵扣；
b)审核检查结果为涉及发票的一般性违规行为，不允许其申报抵扣，需要进行补税、加收滞纳金和罚款，但不需要立案查处；
c)审核检查结果为涉嫌偷骗税的，不允许申报抵扣，移交稽查部门立案查处。
根据《关于印发〈增值税专用发票审核检查操作规程（试行）〉的通知》（国税发〔2008〕33号）第十八条规定，属于“企业操作问题”和“税务机关操作问题或技术问题”，符合税法规定抵扣条件的，经区县主管局长批准，允许其抵扣增值税进项税额。
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