支付企业，开展代收代付资金结算服务，但是同时也代开代收增值税专用发票，对结算资金账务处理上做往来款处理，未确认收入成本，但是由于代开了发票在税法上确认了收入成本。
由于管理问题，结算的商户税率维护不准确，出现了一个异常情况，收到的专票能抵扣的进项大于相应确认的销项。对于这些多余的专票，能否不抵扣，等着其过期。这样操作对企业有什么风险吗？
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建议贵公司按照业务实质规范处理。
支付企业，代收代付的资金，作为往来款处理，不需要确认收入、成本，也不需要开具或者收取增值税专用发票（只需要就代收代付款实际收取的手续费部分向客户开具增值税发票）。
贵公司当前的做法，收取的部分确认收入、支付的部分作为成本，按该方式操作，开具或者收取的增值税专用发票，税率应该符合税法的规定，否则存在税务风险（高税率开具发票多缴税，或者低税率开具发票少交税，或者是未按规定获得发票不能抵扣进项）。
对于获取的进项税发票不抵扣，属于滞留发票（存根联滞留票指销售方开具了发票，开票系统已经做抄税处理，而且已经将这部分收入申报纳税，但是却没有购货方的认证信息。存根联滞留发票形成的原因主要包括购进的产品本身不能作进项税抵扣、超过认证期限、帐外经营故意不抵扣等）
企业有滞留票属于正常现象，并不代表企业一定有税务问题，但如果滞留发票过多，税务机关会关注，如无法提供相关资料证明滞留票属于正常原因形成的，税务机关会怀疑存在帐外经营，存在引发税务稽查或者是税务机关要求核定补税风险。
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