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由于财税〔2000〕42号关于企业所得税的免税政策不再适用，因此非营利性医疗机构的企业所得税只能按照非营利组织的有关规定进行免税。根据《财政部国家税务总局关于非营利组织企业所得税免税收入问题的通知》（财税〔2009〕122号）第一条规定：
（一）接受其他单位或者个人捐赠的收入；
（二）除《中华人民共和国企业所得税法》第七条规定的财政拨款以外的其他政府补助收入，但不包括因政府购买服务取得的收入；
（三）按照省级以上民政、财政部门规定收取的会费；
（四）不征税收入和免税收入孳生的银行存款利息收入；
（五）财政部、国家税务总局规定的其他收入。
自2008年后，财政部、国家税务总局没有出台关于非营利医院的企业所得税的专项税收优惠政策。
因此，目前非营利医院能够免征企业所得税的就是《财政部国家税务总局关于非营利组织企业所得税免税收入问题的通知》第一至四项收入。
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