根据《中华人民共和国印花税暂行条例》第一条、第三条的规定,在中华人民共和国境内书立、领受本条例所列举凭证的单位和个人,都是印花税的纳税义务人(以下简称纳税人),应当按照本条例规定缴纳印花税。具体税率、税额的确定,依照本条例所附《印花税税目税率表》执行。也就是说,印花税采取正列举征收,只对《印花税税目税率表》列举项目征税。
按照《财政部 国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》(财税〔2016〕36号)附件1《营业税改征增值税试点实施办法》附《销售服务、无形资产、不动产注释》及《商品和服务税收分类与编码(试行)》的定义,货物运输代理服务,是指接受货物收货人、发货人、船舶所有人、船舶承租人或者船舶经营人的委托,以委托人的名义,为委托人办理货物运输、装卸、仓储和船舶进出港口、引航、靠泊等相关手续的业务活动。根据上述定义,《货物运输代理服务合同》并非《印花税税目税率表》所列举项目,不征收印花税。
但是,如果货物运输代理业务涉及《货物运输合同》,则属于印花税应税凭证;应当按照合同所载运输费用作为计税依据,税率万分之五。同时根据《中华人民共和国印花税暂行条例》第十二条的规定,发放或者办理应纳税凭证的单位,负有监督纳税人依法纳税的义务。