我公司自建办公房产，房产项目在2016年4月30日前动工，房产采用总包方式结算。房产项目从2015年开始至2016年末，想请问我公司取得增值税专用发票，该怎样抵扣？比如总包方采用简易计税方法，2016年5月1日之前的房产工程款，我们能不能抵扣增值税进项税？2016年5月1日之后的增值税，是不是可以按两年（60%，40%）来进行抵扣？
另外为房产项目发生的工程设计费，又该怎样抵扣？工程设计费最终会计入在建工程，是不是也需要按两年（60%，40%）来进行抵扣？工程设计合同签署时间在2016年4月30日之前，工程设计方分期开具发票，发票跨期2016年4月30日前后。
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2016年5月1日之前的支付工程款，按照营业税的规定，对方的纳税义务已经在收到款项时就产生了，因此对方应该给您们开具营业税发票，如果没有开具营业税发票的话在5月1日之后也只能开具增值税普通发票，您们是不能抵扣的。对于5月1日之后开具的增值税专用发票，您们是可以抵扣的，按两年进行抵扣。
《国家税务总局关于发布<不动产进项税额分期抵扣暂行办法>的公告》（国家税务总局公告2016年第15号）第三条规定，纳税人2016年5月1日后购进货物和设计服务、建筑服务，用于新建不动产，或者用于改建、扩建、修缮、装饰不动产并增加不动产原值超过50%的，其进项税额依照本办法有关规定分2年从销项税额中抵扣。不动产原值,是指取得不动产时的购置原价或作价。
由于您们是新建不动产，因此购进的设计服务需要分2年抵扣。对于设计服务跨期的，按照纳税义务发生时间确定是否可以开具增值税专用发票。如果对方纳税义务属于可以开具增值税专用发票的，则您们可以抵扣。
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