根据最新42号文规定如果年度发生跨境关联交易

2016年6月29日，国家税务总局发布《关于完善关联申报和同期资料管理有关事项的公告》（国家税务总局公告2016年第42号）第十一条的规定，符合以下条件之一的企业，应当准备主体文档：

1、（1）年度发生跨境关联交易，且合并该企业财务报表的最终控股企业所属企业集团已准备主体文档；

（2）年度关联交易总额超过10亿元。

2、主体文档的豁免条件

根据42号公告规定，如果企业仅与境内关联方发生关联交易的，可以不准备主体文档。这一豁免条件相较于特别纳税调整实施办法（试行）的“外资股份低于50%且仅与境内关联方发生关联交易”的规定，扩大了豁免范围，如果企业的外资股份高于50%，但仅与境内关联方发生关联交易的，也可以不再准备主体文档。

根据42号公告的规定，企业签订或执行成本分摊协议的，应当准备成本分摊协议特殊事项文档；企业关联债资比例超过标准比例需要说明符合独立交易原则的，应当准备资本弱化特殊事项文档。即特殊事项文档的适用条件与主体文档和本地文档的适用条件相分离，如果企业仅符合本地文档的适用条件但不符合特殊事项文档的适用条件的，可以只准备本地文档；如果企业仅符合特殊事项文档的适用条件但不符合本地文档和主体文档的适用条件的，那么该企业可以只准备特殊事项文档，不必再准备主体文档和本地文档。

根据以上规定，如果企业仅与境内关联方发生关联交易的，可以不准备主体文档，对于最终控股企业是否准备主体文档没有豁免条件。另外，如果签订或执行成本分摊协议，可以不再准备主体文档和本地文档。谢谢您的提问！