在企业所得税汇算清缴税收优惠使用与计算方面，下面这些业务事项需要特别留意，经常会产生税务风险。
一、享受优惠未备案
每年汇算清缴都能发现许多企业享受税收优惠未作备案。
由于《国家税务总局关于税务行政审批制度改革若干问题的意见》（税总发〔2014〕107号）第三条第十一款规定：
实施备案管理的事项，纳税人等行政相对人应当按照规定向税务机关报送备案材料，税务机关应当将其作为加强后续管理的资料，但不得以纳税人等行政相对人没有按照规定备案为由，剥夺或者限制其依法享有的权利、获得的利益、取得的资格或者可以从事的活动。纳税人等行政相对人未按照规定履行备案手续的，税务机关应当依法进行处理。
因此，企业可以补备案资料，但不影响其享受税收优惠，在此仍要提醒企业按时备案，避免不必要的麻烦。
二、股息、红利免税收入风险
企业取得股息、红利等权益性投资收益作为免税收入，主要存在以下风险：
1、非直接投资。《企业所得税法实施条例》第八十三条规定，企业所得税法第二十六条第（二）项所称符合条件的居民企业之间的股息、红利等权益性投资收益，指居民企业直接投资于其他居民企业取得的投资收益。此处的风险主要是非直接投资，有的企业通过间接投资取得股息、红利，不能作为免税收入；
2、投资于居民企业。经常发现有企业从合伙企业取得股息、红利作为免税收入，由于合伙企业不是居民企业，因此该股息、红利不能免税。
3、股息、红利收入确认时间不正确。有的企业以实际收到股息、红利的时间确认免税收入，按照《国家税务总局关于贯彻落实企业所得税法若干税收问题的通知》（国税函〔2010〕79号）第四条规定，企业权益性投资取得股息、红利等收入，应以被投资企业股东会或股东大会作出利润分配或转股决定的日期，确定收入的实现。
三、所得减免未合理分摊
一些企业既从事应税项目，又从事减免税项目，自认为每个项目都分别核算得十分清晰，就不用分摊期间费用，这是不对的。
《企业所得税法实施条例》第一百零二条规定：
企业同时从事适用不同企业所得税待遇的项目的，其优惠项目应当单独计算所得，并合理分摊企业的期间费用；没有单独计算的，不得享受企业所得税优惠。
企业不可能做到所有期间费用都能够准确划分，比如企业发生的广告费，就无法归集到某个具体项目中去，所以必须进行合同分摊，不分摊将增加企业的所得减免额，减少应纳税额。分摊比例可按照投资额、销售收入、资产额、人员工资等参数确定，上述比例一经确定，不得随意变更。
四、研发费用加计扣除风险
笔者认为，在所有税收优惠项目中，研发费用加计扣除存在的风险最多。常见的有：
1、行业不符。《财政部 国家税务总局 科技部关于完善研究开发费用税前加计扣除政策的通知》（财税〔2015〕119号）第四条规定了“烟草制造业”等6个行业不适用加计扣除政策，但是确实有这些行业的企业加计扣除了研发费用；
2、将非研发人员费用加计扣除。财税〔2015〕119号文件第一条第一款规定，直接从事研发活动人员的工资薪金、“五险一金”等人员人工费用计入研发费用加计扣除，但经常发现有企业把非研发人员，如总经理、财务人员、营销人员、HR等的工资计入研发费用加计扣除；
3、把房租加计扣除。财税〔2015〕119号文件只规定了“租入的用于研发活动的仪器、设备租赁费”可以加计扣除，但有的企业把房屋租金也加计扣除；
4、扩大其他相关费用范围。财税〔2015〕119号文件第一条第六款规定了技术图书资料费等其他相关费用，有的企业将专业期刊订阅费等也计入其他相关费用，扩大加计扣除额；
5、直接材料未扣减。有的企业将研发中直接形成产品的材料归集入研发费用加计扣除，但根据《国家税务总局关于研发费用税前加计扣除归集范围有关问题的公告》（国家税务总局公告2017年第40号）第二条第二款规定，企业研发活动直接形成产品或作为组成部分形成的产品对外销售的，研发费用中对应的材料费用不得加计扣除。因此，该材料费用不能加计扣除；
6、研发费用与非研发费用未合理划分。有些企业研发人员、研发设备等既用于研发，也用于生产经营，未合理分配。根据国家税务总局公告2017年第40号的规定，研发人员、仪器、设备等同时用于非研发活动的，企业应“做必要记录，并将其实际发生的相关费用按实际工时占比等合理方法在研发费用和生产经营费用间分配，未分配的不得加计扣除。”因此，共用的费用未合理分配不能加计扣除；
7、无形资产不资本化。有些企业研发无形资产故意不资本化，这样研发费用可以在当期加计扣除。国家税务总局公告2017年第40号第七条第三款规定，企业开展研发活动中实际发生的研发费用形成无形资产的，其资本化的时点与会计处理保持一致。因此，企业应按照会计准则规定确认资本化，资本化的研发费用加计摊销。
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