公司在运营过程中，一切都是变化莫测的，没有人会知道明天发生什么，当然，一切也并不是人力可以随意更改，自贸区注册公司因为种种原因被收购也是难以避免的事情，例如自贸区注册公司被收购以后怎么报税?相信这是很多人都关系的问题，下面让小编为大家来解答吧!
首先。居民企业将股份转让且以其他公司的股份转让对价的情况，在2014年1月1日后是可以递延5年缴纳的;但如果居民企业将股份转让且以现金作为支付对价的，是不能按照该文件的规定进行递延的。其主要立法意图为，如果股份转让直接拿到了现金则需要按照规定正常缴纳企业所得税，但是如果是取得了另外一个公司的股份，由于没有直接变现，鉴于直接缴纳企业所得税存在一定的困难，则可以申请按照5年延期缴纳。
那么对被收购企业转让股权时转让的留存收益，能不能扣除?
对被收购企业来说，其股权转让计算所得时只允许扣除投资成本，转让股权时随同转让的税后未分配利润、各项资本公积等留存收益，除企业清算外，不得扣除。
《企业所得税法实施条例》第十一条规定，投资方企业从被清算企业分得的剩余资产，其中相当于从被清算企业累计未分配利润和累计盈余公积中应当分得的部分，应当确认为股息所得。
《国家税务总局关于加强非居民企业股权转让所得税管理的通知》第三条规定，股权转让所得是指股权转让价减除股权成本价后的差额。如被持股企业有未分配利润或税后提存的各项基金等，股权转让人随股权一并转让该股东留存收益权的金额，不得从股权转让价中扣除。
《国家税务总局关于贯彻落实企业所得税法若干税收问题的通知》第三条中关于股权转让所得确认和计算问题规定，企业在计算股权转让所得时，不得扣除被投资企业未分配利润等股东留存收益中该项股权所可能分配的金额。
综上所述，自贸区注册公司在被收购的情况下，需要报税时，可以申请5年延期缴纳，当然，如果规定了在5年内转让其股份、收回投资或者注销的，则要停止递延的计算，而要一次性计算缴纳企业所得税。
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